¿Se puede establecer el estado (activo, ausente y ocupado) sin lanzar el programa?

Sí. Ésta y otras operaciones pueden realizarse pulsando con el botón derecho del ratón sobre el icono de UNIOM que aparece en la barra de tareas del sistema operativo.

¿Al guardar un perfil quedan también almacenadas las notas y carpetas de notas?

Sí, exactamente tal y como estaban.